Der Krieg begann 1618 im südlichen Böhmen. Die böhmischen Aufständischen waren anfangs recht erfolgreich. Sie konnten auch die mährischen Adligen für das böhmische Heer gewinnen. Ein Teil des böhmischen Heeres konnte bis zum habsburgischen Wien vordringen. Durch eine Niederlage eines anderen Heeresteiles in Sablat, wurde das Heer aus Wien zurück beordert.
1619 wurde eine böhmische Konföderation gegründet und Friedrich der V. von der Pfalz zum König gewählt. Ferdinand II. wurde in Mainz wieder römisch – deutscher Kaiser. Der Kaiser konnte kaisertreue protestantische Fürsten für sich gewinnen. Die Protestantische Union und die Katholische Liga hatten zwar einen Nichtangriffspakt geschlossen, aber das Ligaheer marschierte trotzdem in Böhmen ein. Das böhmische Heer wurde in der Nähe von Prag geschlagen und König Friedrich musste fliehen. Der spanische Heerführer versuchte auf Grund der Forderungen des spanischen Königs 1620 ein Vordringen in die Pfalz, was ihm aber missglückte und er 1621 nach Flandern zurückkehren musste.
Die protestantischen Heerführer waren zunächst in der Pfalz erfolgreich. Das protestantische Heer war zahlreicher als das Heer der Liga, aber durch die Uneinigkeit der Heerführer kam es sehr bald zu Niederlagen. 1623 verlor Friedrich V. die Kurwürde der Pfalz an den Herzog von Bayern. Die Oberpfalz wurde 1628 unter die Herrschaft von Bayern gestellt und katholisch.
1621 war der zwischen Spanien und den Niederlanden ausgehandelte Waffenstillstand abgelaufen. Das nutzten die Spanier und marschierte wieder in die Niederlande ein. Sie belagerten Breda, konnten aber durch fehlende finanzielle Mittel nicht die gesamten Niederlande einnehmen.
Die Franzosen wollten 1624 eine Politik gegen die Habsburger führen. Der französische König strebte Bündnisse mit protestantischen Herrschern aus Nordeuropa an. 1625 wurde die Haager Allianz mit Bündnispartnern wie England, den Niederlanden und Dänemark gebildet. Die Armee sollte den Norden des deutsche Reiches vor dem katholischen Kaiser schützen. Als Heerführer wurde der dänische König mit dem Versprechen eingesetzt, das Heer nur zur Verteidigung der nördlichen Kreise zu verwenden. Aber der dänische König besetzte niederrheinisch – westfälische Reichskreise.
Der böhmische Adlige von Wallenstein bot dem Kaiser die Aufstellung eines Heeres an. Aus Angst, dass die Dänen weiter voran marschieren würden, nahm der Kaiser das Angebot an. Der Kaiser hat jetzt das Wallenstein - und das Ligaheer zur Unterstützung. Das Heer, unter Führung des dänischen Königs Christian, hatte nur wenige Verbündete und konnte keine weiteren protestantischen Herrscher als Bündnispartner finden.
1626 wurde Christians Heer und das seiner Verbündeten von Wallenstein empfindlich geschlagen. Wallenstein gelangte 1627 nach Norddeutschland und bis zur Halbinsel Jütland. Das zwang Dänemark 1629 zu einem Friedensabkommen. Der Kaiser setzte die mit Dänemark verbündeten Herzöge ab. Die Herrschaft ging an Wallenstein.
Das vom Kaiser 1629 erlassene Restitutionsedikt beinhaltete, dass alle geistlichen Besitz, die seit 1555 von protestantischen Herrschen eingezogen wurden, zurück zu geben waren. Dieses Gesetz führte dazu, dass die Protestanten sich neuen Bündnispartnern gegenüber sahen.
Da Dänemark als größte Ostseemacht nun geschwächt war, trat der Schwede Gustav Adolf auf die Bühne. 1630 landete er mit seinem Heer auf der Insel Usedom. Er zwang die nordostdeutschen Länder und auch Sachsen, ein Bündnis mit ihm einzugehen.
Die Entscheidungsschlacht zwischen kaiserlichen Truppen und den Schweden fand 1631 in dem zerstörten Magdeburg statt. Der Weg nach Süddeutschland war nun für die Schweden frei. Sie besetzten München und waren auch eine Bedrohung für das habsburgische Österreich. Der Kaiser erkannte die Gefahr und holte Wallenstein als Oberbefehlshaber für die kaiserliche Armee zurück.
Wallenstein schwächte 1632 die schwedische Armee in der Schlacht bei Nürnberg erheblich. Gustav Adolf, der schwedische König, verlor kurz danach in einer anderen Schlacht sein Leben. Er hinterließ eine unmündige Tochter, sodass die schwedische Herrschaft von Axel Oxenstierna übernommen wurde. Dieser konnte die fränkischen, rheinischen und schwäbischen Reichskreise als Bündnispartner gewinnen.
Wallenstein, der 1634 ermordet wurde, konnte durch den Feldherren Bernhard von Sachsen-Weimar ersetzt werden, der einen großen Sieg über das schwedische Heer erzielte. 1635 schlossen die Protestanten gemeinsam mit Ferdinand II. den Prager Frieden. Das Restitutionsedikt wurde ausgesetzt und der Dreißigjährige Konzessionskrieg war beendet.
Frankreich war von dem Friedensabkommen zwischen Schweden und dem Reich nicht begeistert. Der schwedisch – französischer Krieg dauerte weitere 13 Jahre. Es gab keine nennenswerten Siege und man begann ab 1643 mit Verhandlungen, die 1648 mit dem westfälischen Frieden abgeschlossen werden konnten. Teil der Verhandlungen war der Augsburger Religionsfrieden und einige Rechte des Kaisers wurden auf den Reichstag übertragen.