1641 einigte man sich auf die Abhaltung eines Friedenskongresses. Es wurde eine Konfessionsfreiheit erlassen, die die Streitfragen der vielen konfessionell gemischten Städten des Reiches regelte. Es wurden Sonderregelungen für Bistümer, die in protestantische Reichskreise fielen gefunden.
Der Einsatz Schwedens wurde belohnt und es erhielt unter anderem Vorpommern und die Odermündung. Dänemark wurde nicht berücksichtigt. Spanien gab den Niederlanden seine Unabhängigkeit zurück. Österreich gab Sundau an Frankreich ab, sodass Frankreich zur Größtmacht im westlichen Europa wurde.
Die Macht zwischen Kaiser und Reichsräten wurde neu bestimmt. Dabei wurde auf Gleichheit der Machtverhältnisse geachtet. Die Niederlande und die Schweiz verblieben nicht im Reichsverbund. Sie wurden unabhängig. Der Truppenabzug wurde in einem Kongress in Nürnberg geregelt. Riesige Teile der Bevölkerung des Heiligen Römischen Reiches waren vernichtet worden. Die größten Verluste waren bei den Bauern zu finden. Durch den Durchzug der Armeen, waren besonders der Nordosten, die Pfalz, Thüringen und Württemberg betroffen. Der Nordwesten und Südosten blieb weitgehend verschont.
Es wird heute eingeschätzt, dass ca. 30 % der Gesamtbevölkerung ihr Leben durch den Krieg, die Hungersnot und Seuchen verloren haben. Einige der wenigen Städte, die vom Krieg profitierte, waren Hamburg und Bremen. Da viele Küstenregionen and die Schweden abgetreten wurden und die Niederlande nun unabhängig waren, kam das Hamburg und Bremen zu gute.
Der Seehandel war für das Deutsche Reich sehr eingeschränkt. Die Länder Frankreich, Schweden, die Niederlande und England erlebten nach dem Dreißigjährigen Krieg, im Gegensatz zum deutschen Reich, einen Aufschwung im Handel. Es konnte sich ein liberales Bürgertum entwickeln. Diese Länder entwickelten sich zu Nationalstaaten. Das deutsche Reich hatte weiterhin mit vielen Fürstentümern zu kämpfen.
Auch spielte beim Wiederaufbau nach dem Dreißigjährigen Krieg die Finanzierung des Krieges ein wichtige Rolle. Besonders die deutschen Fürsten waren davon betroffen. Die Heer durchstreiften während des Kriges ihre Gebiete. Es nahmen Lebensmittel und Wertgegenstände mit. Also mussten die Fürsten, auf deren Besitz gekämpft wurde, den Krieg bezahlen. Meist versuchten die Feldherren, Gebiete der Gegner zu besetzen.
Nach einem so langen Krieg war selbst bei einem Gegner nichts mehr zu holen. Plünderungen, Raub und Mord wurde zum Alltag. Besonders schlimm walteten die Söldner Heere. Sie kämpften für jede Partei und kannten keine Moral. Wohingegen die Armeen von Gustaf Adolf und Wallenstein einigermaßen diszipliniert plünderten. Das deutsche Reich war Hauptleidtragender dieses Krieges.
Der Aufbau der Wirtschaft musste von straffer Hand organisiert werden. Es entstand die Voraussetzung für einen absolutistischen Staat. Der Verlauf des Krieges wird in vier Phasen eingeteilt. 1618-1624 findet der Böhmisch – Pfälzische Krieg statt. Der Dänisch – Niederländische Krieg dauert 5 Jahre von 1625 – 1630. Die dritte Phase war der Schwedische Krieg (1630-1635) und die letzte Phase der Französisch – Schwedische Krieg.
Zum ersten Mal hatten die Herrscher gelernt, wie man Friedensabschlüsse mit Hilfe von Diplomatie erwirken konnte. Es folgte eine lange Epoche des Friedens.